Criado em 1974, o Mafro foi inaugurado em 07 de janeiro de 1982, no local onde funcionou o Real Colégio dos Jesuítas, do século XVI ao XVIII e a partir de 1808, a primeira Escola de Medicina do Brasil. Sua criação, no âmbito do Centro de Estudos Afro-Orientais da Universidade Federal da Bahia, correspondeu aos anseios da existência de um espaço de coleta, preservação e divulgação de acervos referentes às culturas africanas e afro-brasileiras, com o objetivo de estreitar relações com a África e compreender a importância deste continente na formação da cultura brasileira, incentivando, por outro lado, contatos com a comunidade local. Seu projeto original, de 1974, concebido pelo antropólogo e fotógrafo Pierre Verger, foi desenvolvido no início da década de 80 pela arquiteta Jacyra Oswald e pela etnolinguista Yeda Pessoa de Castro, dentre outros professores e pesquisadores da Universidade Federal da Bahia e consultores externos. Entre os anos de 1997 e 1999, sob a coordenação do Museólogo Marcelo Cunha, com participação de equipe de consultores, o MAFRO passou por um processo de renovação da sua exposição, que vem sendo redimensionada periodicamente, com modificações nos últimos anos. Desde os anos noventa, a sua gestão técnico administrativa é realizada por docentes do Departamento de Museologia da Universidade Federal da Bahia, afirmando-se como local de investigação e ensino relacionados à museologia e seus processos operatórios, promovendo atividades de pesquisa, ensino e extensão, difundindo informações oriundas do seu acervo, por meio de cursos, exposições temporárias e publicações, procurando oferecer subsídios aos pesquisadores e inúmeros estudantes que visitam o museu.